Выявленные отступления от действующих нормативных документов не влияют на надежность гидротехнических сооружений (ГТС) и работу гидроэлектростанции в осенне-зимний период 2009 – 2010 гг.
После вхождения Новосибирской ГЭС в состав ОАО «РусГидро» в 2007, компания определила для нее основные параметры  программы технического перевооружения и реконструкции (ТПиР) сроком на 15 лет. Было принято решение о проведении реконструкции гидротурбин с проработкой варианта увеличения их мощности. В 2008 году был заключен договор на проект реконструкции гидроагрегатов между ОАО «РусГидро»  и ОАО «Ленгидропроект». В дальнейшем реализация проекта позволит увеличить установленную мощность Новосибирской ГЭС примерно на 105 МВт, что составит более 500 МВт.
В соответствии с технической политикой ОАО «РусГидро», составлена среднесрочная и краткосрочная программа ТПиР Новосибирской ГЭС сроком до 2030 года. В рамках ТПиР проводятся работы по замене ошиновки генераторного напряжения, силовых блочных  трансформаторов, комплексной реконструкции открытого распределительного устройства (ОРУ) 110 – 220 кВ системы собственных нужд 0, 4 кВ и комплектного распределительного устройства (КРУ) 6кВ. В четвертом квартале 2007 года был заключен договор с ОАО “Сибирский ЭНТЦ» на проект реконструкции ОРУ 110, 220 кВ. С 2010 года планируется его поэтапная реализация.
В 2007 году наряду с необходимыми работами по автоматизации и внедрению микропроцессорной техники, заменой оборудования систем диспетчерского и технологического управления, телемеханики и АСКУЭ, были реализованы два ключевых мероприятия по замене системы постоянного тока с аккумуляторной батареей и замене масляных генераторных выключателей на современные экологически чистые, элегазовые и вакуумные.
В 2008 году разработан проект реконструкции технического и пожарного водоснабжения новосибирской гидроэлектростанции.  Работы по его реконструкции  закончатся к концу 2010 года.
Ежегодно в программу ТПиР включаются работы по замене морально и физически устаревших устройств релейной защиты автоматики (РЗА).  С 2008 года началась замена устройств РЗА, системы автоматического управления и системы управления сигнализацией энергоблоков, регуляторов гидротурбин с обратными связями на гидрогенераторах и трансформаторах.
В сентябре 2009 года на Новосибирской ГЭС заменен трансформатор № 4 типа ТДГ-70000/110, работающий в блоке с гидрогенератором  № 4  на современный типа (ТДЦ)-125000/110-У1 производства концерна «АВВ». До конца 2009 года планируется заменить еще два блочных трансформатора на аналогичные.
По программе расширенной реконструкции в 2008 году выполнены работы по реконструкции системы сбора и передачи информации (телемеханики и телесигнализации) Новосибирской ГЭС. Внедрена унифицированная система мониторинга за ГТС  БИНГ-3.
За последние пять лет проведен значительный объем  работ по ремонту гидротехнических сооружений Новосибирской ГЭС. За годы эксплуатации циклы «замерзание-оттаивание» в зоне переменного уровня здания ГЭС вызвали повреждения бетона. В 2009 году завершились работы по его восстановлению.
В целом гидротехнические сооружения и оборудование гидроэлектростанции находятся в работоспособном состоянии и угрозы для города и населения не представляют. Оборудование станции готово к несению плановой нагрузки.
В реконструкцию Новосибирской ГЭС с 2007 года компанией вкладываются значительные средства. За последние три года объем финансовых средств направленных ОАО «РусГидро» на программу ТПиР Новосибирской ГЭС увеличился почти в три раза. Вне зависимости от рыночной ситуации мероприятия, направленные на увеличение надежности работы оборудования и безопасности действующих активов, с повышением эффективности за счет снижения рисков являются первоочередными для компании. Затраты на реализацию программы ТПиР филиала ОАО «РусГидро» - «Новосибирская ГЭС» с 2007 года до конца 2009 года составят около 1, 2 млрд рублей. До конца 2010 года компания направит на модернизацию ГЭС более 1,8 млрд рублей.